O que se chama geralmente Terceiro Segredo é de fato a terceira e última parte do segredo profético inteiro que a Santa Virgem deu a três crianças videntes a 13 de Julho de 1917. As outras duas secções do segredo (a visão do inferno e a promoção do comunismo na Rússia) foram reveladas pùblicamente com a publicação das Memórias da Irmã Lucia nos anos 40. A parte final do segredo permanece na posse do Vaticano e não foi ainda divulgada ao mundo.

Foi debaixo da ordem direta de seu bispo e com a assistência de Nossa Senhora que a Irmã Lucia dos Santos escreveu a terceira parte do Segredo a 2 de Janeiro de 1944. Falando à Irmã Lucia, a Rainha do Céu disse que era a Vontade de Deus que ela submetesse o segredo ao papel e o confiasse ao seu bispo e, através dele, ao Papa Pio XII. Nesse momento, a Santa Virgem indicou também que esta parte do segredo era para ser revelada aos fieis o mais tardar em 1960.

Ao descubrir que o seu bispo estava sem vontade de abrir o envelope que continha o segredo, a Irmã Lucia "obrigou-o a prometer", nas palavras do Cônego Galamba, "que o segredo seria aberto e lido ao mundo ou na morte dela ou em 1960, o que acontecesse primeiro." Se o seu bispo falecesse primeiro, concordaram que o segredo seria confiado ao Cardeal Patriarca de Lisboa. Apesar deste acordo, o segredo foi, de fato, entregado ao Vaticano onde permanece escondido do público há mais de cinqüenta anos.

"Perigos que ameaçam a fé e a vida de um cristão... e portanto do mundo."

Desde 1960, quando depois de ler o segredo o Papa João XXIII decidiu não revelar o seu conteúdo pùblicamente, tem havido especulação crescente sobre o que contém. Enquanto que no passado a especulação customava identificar o segredo com todo o tipo de cataclismo e de desastre, os conhecimentos mais recentes indicam que provàvelmente tem a ver com o caos difundido, a confusão e a falta de fé que têm dominado a Igreja Católica nas últimas três décadas e meia.

Em uma entrevista realizada em Novembro de 1984, o Cardeal Ratzinger (do Santo Ofício) confirmou que, com a autorização do Papa, tinha lido o segredo e que este concerne, em suas palavras "uma convocação radical à conversão, a gravidade absoluta da história, os perigos que ameaçam a fé e a vida de um cristão, e portanto do mundo. E também a importância dos últimos tempos." O Cardeal seguiu explicando que "senão é publicado, é para evitar confundir a profecia religiosa com o sensacionalismo. Mas as coisas contidas no terceiro segredo correspondem ao que foi anunciado nas Escrituras e estão confirmadas por muitas outras aparições marianas."

Enquanto que o teor exato do segredo continua oculto ao público, os trabalhos de conhecedores de Fátima como o Padre Joachim Alonso (antigo arquivista oficial de Fátima) e o Frère Michel de la Sainte Trinité têm fornecido instropecção de valor enquanto ao seu significado e seu conteúdo. A obra monumental do Frère Michel, de 850 páginas, The Third Secret é particularmente notável neste aspecto.

"O diabo conseguiu trazer o mal à Igreja disfarçado pelo bem e os cegos começaram a guiar os outros."

No seu livro, o Frère Michel relata que, quando foi interrogada sobre o segredo, a Irmã Lúcia disse: "Está no Evangelho e no Apocalipse, tem que os ler!" Ele nota que ela indicou especìficamente os capítulos VIII a XIII do Apocalipse (o Capítulo XIII afeta especificamente a origem do Anticristo). No seu estudo do terceiro segredo, o Frère Michel construi um caso compelativo e poderoso que o terceiro segredo é um aviso grave da apostasia dentro da fé católica e uma acusação séria para aqueles na hierarquia da Igreja que têm promovido a dissensão e a heresia inequívoca.

Embora a Irmã Lúcia não esteja autorizada a revelar o segredo final de Nossa Senhora até que o próprio Santo Padre julgue o momento oportuno, nada a tem impedido de dar a sua opinião sobre a crise da Igreja como uma pessoa individual. Em uma série de cartas escritas entre 1969 e 1972, a Irmã Lucia reagiu vigorosamente contra os modernistas e outros na Igreja, particularmente contra aqueles que procuram minimalizar a importância do Rosário. "Esta desorientação é diabólica", escreveu, "e é triste que tanta gente se deixe dominar pela onda diabólica que invade o mundo! E eles estão cegos ao ponto de já não conseguirem ver o erro! A sua falta principal é que abandonaram a oração." A parte mais triste de todas, segundo a Irmã Lucia, é que tantos padres, religiosos e bispos se deixem levar na confusão. "O diabo conseguiu trazer o mal à Igreja disfarçado pelo bem e os cegos começaram a guiar os outros, como nos diz o Senhor no seu Evangelho." Na conclusão do seu estudo do terceiro segredo, o Frère Michel sumaria a sua averiguação do modo seguinte:

"Tendo chegado ao fim da nossa pesquisa, podemos discernir, com certeza quase absoluta, os elementos essenciais do segredo final de Nossa Senhora: Enquanto que em Portugal o dogma da fé será sempre preservado, em muitas nações, talvez até no mundo inteiro a fé será perdida. Os pastores da Igreja fracassarão gravemente nos deveres do seu ofício. Através de sua falta, as almas consagradas e os fieis em grandes números vão deixar-se seduzir por erros perniciosos espallhados por todo o mundo. Esta será a hora da batalha decisiva entre a Sagrada Virgem e o demónio. Será atirada sobre o mundo uma onda de desorientação diabólica. Satanás vai introduzir-se até ao cume mais alto da Igreja. Cegará as mentes e endurecerá os corações dos pastores. E Deus vai entregá-los a eles próprios como castigo por se terem recusado a obedecer os pedidos do Coração Imaculado de Nossa Senhora. Esta será a grande apostasia prognosticada para os "últimos tempos"; o "cordeiro falso" e o "profeta falso" traicionarão a Igreja para beneficio da Besta, segundo a profecia do Apocalipse."