Lo que generalmente se conoce como el “Tercer Secreto” es, en realidad, la parte tercera y final de la totalidad del Secreto profético que la Santísima Virgen les dio a los tres niños videntes el 13 de julio de 1917. La otras dos secciones del Secreto (la visión del infierno y el surgimiento de Rusia Comunista) fueron públicamente reveladas con la publicación de las Memorias de la Hermana Lucía en la década de 1940. La parte final de la revelación sigue estando en posesión del Vaticano y aún no ha sido revelada al mundo.

Fue bajo la orden directa de su obispo y con la ayuda de Nuestra Señora, que la Hermana Lucía dos Santos puso por escrito la tercera parte del Secreto el 2 de enero de 1944. La Reina del Cielo le dijo a la Hermana Lucía que era la Voluntad de Dios el que pusiera por escrito el Secreto y que se lo confiara a su obispo y, a través de él, al Papa Pío XII. En aquella ocasión la Santísima Virgen indicó también que esa parte del Secreto sería revelada a los fieles a más tardar en 1960.

Al darse cuenta de que su obispo no estaba dispuesto a abrir el sobre que contenía el Secreto, la Hermana Lucía “le hizo prometer”, en palabras del Canónigo Galamba,“que el Tercer Secreto sería abierto y leído al mundo después de su muerte o a más tardar en 1960, lo que ocurriera primero”. En caso de que su obispo muriera primero, se acordó que el Secreto le sería confiado al Cardenal Patriarca de Lisboa. A pesar de este acuerdo, el Secreto fue, en efecto, entregado al Vaticano, donde ha permanecido sin ser revelado al público por más de cincuenta años.

Desde 1960, cuando después de leer el Secreto el Papa Juan XXIII decidió no hacer público su contenido, ha existido una creciente especulación en lo que respecta a su contenido. Mientras que en el pasado la especulación con frecuencia identificaba el Secreto con todo tipo de cataclismos y desastres, eruditos más contemporáneos han indicado que lo más probable es que el Secreto se refiera al caos generalizado, a la confusión y la pérdida de la fe que ha dominado a la Iglesia en las últimas tres décadas y media.

En una entrevista llevada a cabo en noviembre de 1984, el Cardenal Ratzinger (de la Santa Sede) confirmó que, con el permiso del Papa, había leído el Secreto y que éste se refería, en sus palabras, “a un llamado radical a la conversión, la absoluta gravedad de la historia, los peligros que amenazan la Fe y la vida de los Cristianos y, por lo tanto, el mundo. Y también la importancia de los últimos tiempos”. El Cardenal explicó también que "si no se publica ... es para evitar que se confunda la profecía religiosa con el sensacionalismo. Lo que contiene el Tercer Secreto corresponde, en cambio, a lo que ha sido anunciado en las Escrituras y que ha sido confirmado por muchas otras apariciones de María."

Mientras que la fraseología exacta del Secreto sigue sin ser del conocimiento público, el esfuerzo de eruditos en Fátima, de expertos tan conocidos como el Padre Joachim Alonso (quien fue archivista oficial de Fátima) y Frère Michel de la Sainte Trinité, han brindado, a pesar de todo, intuiciones de valor incalculable en lo que se refiere a su significado y contenido. La monumental obra de 850 páginas de Frère Michel, El Secreto de Fátima es particularmente digna de mencionarse dentro de este contexto.

En su libro, Frère Michel relata que cuando le preguntaron a la Hermana Lucía acerca del Secreto, ella dijo: “Está en el Evangelio y en el Apocalipsis, ¡léalo!” Nota también que la Hermana Lucía indicó en particular los Capítulos del VIII al XIII del Apocalipsis (el Capítulo XIII se refiere específicamente a la venida del Anticristo). En su estudio sobre el Tercer Secreto, Frère Michel desarrolla un poderoso y atractivo argumento, y sostiene que el Tercer Secreto es un serio aviso de apostasía dentro de la Fe Católica y una seria acusación hacia aquéllos que dentro de la Iglesia han promovido el disentimiento y las herejías.

A pesar de que a la Hermana Lucía no le está permitido revelar el Secreto final de Nuestra Señora hasta que el mismo Santo Padre lo considere oportuno, nada le ha impedido dar su opinión como persona acerca de la crisis dentro de la Iglesia. En una serie de cartas escritas entre 1969 y 1972, la Hermana Lucía reaccionó vigorosamente en contra de los modernizadores y otros dentro de la Iglesia, en particular en contra de aquéllos que intentan minimizar la importancia del Rosario. “Esta desorientación es diabólica”, escribió, y “¡es triste que tantas personas se dejen dominar por la ola diabólica que arrasa al mundo! ¡Y están cegados hasta el punto de ser incapaces de ver el error! Su culpa principal es que han abandonado la oración”. Lo más triste de todo es que, de acuerdo con la Hermana Lucía, tantos sacerdotes, religiosos y obispos se hayan dejado llevar por la confusión. “El demonio ha tenido éxito en traer el mal (a la Iglesia) bajo el disfraz del bien y los ciegos han comenzado a guiar a otros, como el Señor nos lo dice en Su Evangelio”.

En la conclusión de su estudio sobre el Tercer Secreto, Frère Michel resume sus resultados de la siguiente manera:

"Una vez que hemos llegado al final de nuestra investigación, estamos en posición de poder discernir, casi con toda certeza, los elementos esenciales del secreto final de Nuestra Señora: Mientras que ‘en Portugal, el dogma de la Fe siempre será conservado’, en muchas naciones, quizás en casi todo el mundo, se perderá la Fe. Los pastores de la Iglesia fallarán seriamente en el cumplimiento de los deberes que su cargo les impone. Por su culpa, almas consagradas y un gran número de fieles se dejarán seducir por errores perniciosos esparcidos por todas partes. Este será el momento de la batalla decisiva entre la Santísima Virgen y el demonio. Una ola de desorientación diabólica se alzará sobre el mundo. Satanás llegará incluso hasta la cima de la Iglesia. Cegará las mentes y endurecerá los corazones de los pastores. Y Dios los abandonará a su suerte en castigo por negarse a obedecer las peticiones del Corazón Inmaculado de María. Esta será la gran apostasía predicha para los ‘últimos tiempos’; ‘el Falso Cordero’ y ‘el Falso Profeta’ traicionarán a la Iglesia para beneficio de‘La Bestia’, de acuerdo con la profecía del Apocalipsis."